Package領域でエラーが消えない Project を 右クリックします。そして次のとおりに選択して設定を確認します。
Properties > Project Facets > Configuration
この設定のタイプやバージョンが適切でなかったりするとエラーが消えません。なので設定を確認し適切でない設定を変更していきます。
私の場合、Java ver 9.0 を使用するようになっていました。そして私の使用していたTomcatがJava ver 9.0に対応していなかったためにエラーが起きていました。
次の設定に変更してApplyをクリックします。
Default Configuration for Apatch Tomcat v9.0
これで無事にエラーが消えました。