Thymeleafで選択的にjavascriptを読み込むことが出来ます。
Thymeleafのhead要素(タグ)にこのように書きます。
<script src="./js/register.js" th:if="${isRegisterMode}"></script>
すると、isRegisterModeが true であれば register.js を読み込みます。逆にisRegisterMode が false であれば register.js は読み込みません。
Thymeleafはサーバー側で設定・処理をしてブラウザに返却してくれるので、読み込まれないときには要素(タグ)自体が無くなっています。デベロッパーモード(F12)でブラウザの中身(DOM)を見てみると確認することが出来ます。